تخلف در ثبت و اجرای قرارداد بازیکنان فوتبال در اکثر باشگاه‌های لیگ برتر از جمله مصادیقی است که همواره نگرانی‌هایی را درپی داشته است، موضوعی که در گزارش حسابرسی فصل 95 - 94 استقلال فراوان دیده می‌شود.