دولت ایران برای حمایت از تحصیل دانش‌آموزان افغانستانی علاوه بر ثبت‌نام از دانش‌آموزان فاقد مجوز اقامت، شهریه تحصیل آنها در مدارس را حذف کرد و این گروه همانند دانش‌آموزان ایرانی مبلغ مصوب انجمن اولیا و مربیان مدرسه را پرداخت می‌کنند اما در این میان تخطی برخی مدارس از قانون ثبت‌نام در مدرسه را منوط به پرداخت شهریه کرده است.